Obecny Kościół św. Wojciecha przed 60-ciu laty był ewangelicko-augsburską kirchą, pw. św. Jana Chrzciciela. Kircha zbudowana w latach 1909-1912 z inicjatywy pastora Teodora Zirkwitza była religijnym centrum zamieszkałej w Białymstoku kilkutysięcznej mniejszości niemieckiej.

Projektantem kościoła był przedsiębiorca budowlany, łódzki inżynier Jan Wende. Neoromańska świątynia, wzniesiona za kwotę 110 tysięcy rubli, była dumą całego miasta.

Parafia ewangelicko-augsburska szczególnie w okresie międzywojennym, prowadziła ożywioną działalność kulturalno-oświatową i socjalną. Cenną inicjatywą parafii była ochronka dla dzieci ewangelickich, utworzona w 1917 roku. Przy kościele działał sześćdziesięcioosobowy chór, a także funkcjonowała biblioteka z książkami w języku polskim i niemieckim. Zarządzający przez ponad 30 lat parafią, pastor Teodor Zirkwitz, przyjaźnie był nastawiony do Polaków i polskości. Świadczą o tym między innymi nabożeństwa odprawiane dla Polaków w języku polskim. Również w języku polskim, przez długi czas, prowadzono lekcje w ewangelickiej szkole parafialnej. Wybuch II wojny światowej przerwał działalność parafii ewangelicko-augsburskiej, chociaż jeszcze w 1941 roku odprawiano tu okazjonalnie nabożeństwa dla oddziałów niemieckiej armii, zdążającej na front wschodni. Działania wojenne dokonały wielu zniszczeń i grabieży w opuszczonym kościele.

19 sierpnia 1944 roku aktem PKWN, najwyższej i jedynej wówczas władzy państwowej, poewangelicki kościół przekazano pod zarząd Kościoła rzymskokatolickiego. W marcu 1973 roku, z inicjatywy księdza biskupa Henryka Gulbinowicza została zawarta notarialna umowa kupna-sprzedaży kościoła wraz z przynależnymi budynkami pomiędzy Kurią Arcybiskupią a Konsystorzem Kościoła ewangelicko-augsburskiego. Cenę ustaloną na 2 miliony 100 tysięcy złotych, spłacono ratalnie do 1978 roku.


Poświęcenie świątyni pw. św. Wojciecha Biskupa i Męczennika odbyło się 29 października 1944 roku. Dwa dni później odprawiono pierwsze nabożeństwo katolickie, w intencji 18 tysięcy Polaków pomordowanych przez Niemców i pochowanych w Grabówce. Pierwszym rektorem kościoła był ksiądz Antoni Zalewski, który wraz z księdzem Janem Zabańskim przekształcił zdewastowany kościół w prężnie działającą świątynię. Prowadzone w kościele na wysokim poziomie kazania, a w szczególności rekolekcje, przyciągały wiernych z całego miasta. Rekolekcje Wielkopostne w 1961 roku dla inteligencji pracującej prowadził tu ksiądz biskup Karol Wojtyła z Krakowa.   

W latach 1961-1977 Kościół św. Wojciecha był pod zarządem rektorów białostockiego Wyższego Seminarium Duchownego. Kolejno opiekę nad nim sprawowali: ks. biskup Władysław Suszyński, ks. prałat Antoni Cichoński i ks. rektor Stanisław Piotrowski. Do sprawnej pracy kościoła przyczyniła się nie tylko aktywna posługa księży profesorów, ale także zaangażowanie alumnów, którzy wzbogacali życie kościelne.

Niezwykle doniosłym wydarzeniem było sprowadzenie do kościoła relikwii świętego Wojciecha z Gniezna. Relikwie te, w postaci fragmentu kości z ręki Świętego, zostały tymczasowo umieszczone w Katedrze Białostockiej, a następnie 5 kwietnia 1997 roku uroczyście przeniesione do kościoła św. Wojciecha. Intronizacji Relikwii dokonał Prymas Polski, ksiądz Kardynał Józef Glemp. Patronalny kościół św. Wojciecha został podniesiony do rangi Sanktuarium. Jest to pierwsze Sanktuarium Wojciechowe na Kresach. W każdy poniedziałek, podczas nabożeństwa, wierni za pośrednictwem św. Wojciecha wnoszą prośby i podziękowania. Dla ochrony Relikwii i rozwoju kultu św. Wojciecha zostało powołane Bractwo św. Wojciecha.

Kościół św. Wojciecha pełni od lat rolę ośrodka patriotyczno-narodowego. W swoich intencyjnych nabożeństwach i innych przedsięwzięciach daje wyraz czci ofiarom minionych lat, a głównie II wojny światowej i reżimu komunistycznego. Z inicjatywy Rodziny Katyńskiej w przedsionku kościoła powstała Kaplica Katyńska upamiętniająca zbrodnię wymordowania przez sowietów polskich oficerów. Kapelanem Rodziny Katyńskiej jest ksiądz kanonik Stanisław Szczepura, który za swoją działalność został odznaczony przez Radę Ochrony Pamięci Walki i Męczeństwa, Srebrnym Medalem Opiekuna Miejsc Pamięci Narodowej.